La pasta convencional puede haber sido expuesta a productos químicos en diferentes puntos del proceso. Las semillas del trigo (y de la mayoría de plantas) se tratan con fungicidas. Se aplican fertilizantes y plaguicidas químicos a los cultivos; si son sistémicos (es decir, si penetran en el interior de la planta), pueden quedar residuos en el grano de trigo, incluso si se aplican cuando aún no se ha formado.

Por otro lado, en el aire hay muchos metales pesados, que pueden quedar adheridos al salvado del trigo. En los almacenes de grano se suele fumigar para evitar o combatir la aparición de insectos u hongos. Estos fumigantes son gases muy volátiles (se van por el aire), pero es difícil asegurar que no quede ningún residuo en el salvado. Los molinos y las plantas de producción convencionales se suelen sellar dos veces al año para aplicar fumigantes.

En la agricultura ecológica no se utiliza ningún producto químico. Es imposible evitar que los metales pesados del aire contaminen el trigo, pero al menos los campos de cultivo están lejos de fuentes importantes de contaminación (como carreteras transitadas o determinadas fábricas). Mientras el grano de trigo ecológico está almacenado, se puede mezclar con un tipo de arena que evita la aparición de plagas. Los molinos y las plantas de producción se limpian con agua y jabón, y aire comprimido y aspiradoras.

Por lo que se refiere a aditivos, en la pasta convencional se permiten 3 en los rellenos , 8 en la pasta fresca y 16 en las verduras deshidratadas. De éstos, en la pasta ecológica se pueden utilizar 1 en los rellenos, 5 en la pasta fresca y 1 en las verduras deshidratadas.

Entre los fumigantes que se utilizan en España está el bromuro de metilo, un gas altamente tóxico y muy perjudicial para la capa de ozono, que ya está prohibido en diversos países (en el año 2005 no se podrá utilizar en ningún sitio).

La administración inspecciona a los agricultores y elaboradores ecológicos para comprobar que cumplen las normativas. En cambio, no inspecciona a los convencionales para controlar qué tratamientos hacen.